Trong những tháng và những năm tiếp theo sau Trận Mậu Thân tại Huế, bắt đầu từ ngày 31 tháng 1 năm 1968, và kéo dài tổng cộng 26 ngày, hàng chục ngôi mộ tập thể được phát hiện trong và xung quanh Huế. Nạn nhân bao gồm phụ nữ, nam giới, trẻ em và trẻ sơ sinh[14]. Số liệu từ các nguồn khác nhau có sự không thống nhất.

Theo Nguyễn Lý Tưởng, cựu Dân biểu VNCH khu vực Thừa Thiên, trong 22 địa điểm tìm được các mồ chôn tập thể, người ta đếm được 2,326 sọ người. Sau tết, các gia đình kê khai có người chết hoặc mất tích là 4,000 gia đình.[15] Chính quyền Việt Nam Cộng Hòa thì đưa ra danh sách 4.062 nạn nhân được họ xác định là đã bị mất tích, bắt cóc hoặc bị giết[16]. Theo các báo cáo của Việt Nam Cộng Hòa, nhiều thi thể được tìm thấy ở tư thế bị trói buộc, bị tra tấn và đôi khi bị chôn sống[17][18][19]. Võ Văn Bằng, quan chức VNCH, Trưởng ban Cải táng nói với đài Á Châu Tự Do (RFA) năm 2008 : “Các hố cách nhau. Mỗi hố vào khoảng 10 đến 20 người. Trong các hố, người thì đứng, người thì nằm, người thì ngồi, lộn xộn. Các thi hài khi đào lên, thịt xương đã rã ra. Trên thi hài còn thấy những dây lạt trói lại, cả dây điện thoại nữa, trói thành chùm với nhau. Có lẽ họ bị xô vào hố thành từng chùm. Một số người đầu bị vỡ hoặc bị lủng. Lủng là do bắn, vỡ là do cuốc xẻng…”[20]

Theo báo cáo tổng kết của Douglas Pike[21], lúc bấy giờ là nhân viên Cục Tâm lý chiến của cơ quan thông tin Hoa Kỳ, năm 1970:

"Câu chuyện (về Huế) chưa chấm dứt. Nếu ước đoán của giới chức Huế được coi như gần đúng, khoảng 2.000 người vẫn còn mất tích. Tổng kết về người chết và mất tích như sau:

• Tổng số dân sự tử vong: 7.600 - chết lẫn mất tích
• Chiến trường: - 1.900 bị thương vì chiến cuộc; 944 thường dân chết vì chiến cuộc
• Nạn nhân trong những ngôi mộ tập thể:

1.173 - số tử thi tìm trong đợt đầu sau cuộc chiến, 1968809 - số tử thi tìm trong đợt nhì, kể cả tìm thấy ở đụn cát, tháng 3-7 năm 1969428 - số tử thi tìm trong đợt thứ ba, trong khe Đá Mài (khu Nam Hoa) - tháng 9 năm 1969300 - số tử thi tìm trong đợt thứ tư, khu Phu Thu, tháng 11 năm 1969100 - số tử thi tìm thấy các nơi trong năm 19691.946 - mất tích (tính đến năm 1970)"

Theo soạn giả Matthew White ghi lại trong cuốn sách "Tàn khốc: 100 sự kiện tử vong cực cao trong lịch sử nhân loại" thì vụ thảm sát ở Huế năm 1968 được ông trích dẫn từ các nguồn khác nhau cho rằng đã có 2.800 người chết và 3.000 người mất tích.[22]

Mark Woodruff ghi rằng một bản báo cáo của Mặt trận Dân tộc Giải phóng bắt được ngày 25 tháng 4 năm 1968 ghi đã "loại khỏi vòng chiến đấu 1.892 nhân viên hành chánh, 38 cảnh sát, 790 tên ác ôn, sáu đại uý, 1 trung uý, 20 thiếu uý và nhiều sĩ quan trừ bị…" trong trận đánh ở Huế, tuy nhiên "loại khỏi vòng chiến đấu" là một khái niệm khá rộng (từ chết, bị thương, đầu hàng cho tới bắt làm tù binh).[23]

Hãng AFP thì đưa tin về nguyên nhân có những hố chôn tập thể tại Huế: "Trong các trận đánh hàng nghìn quân nhân đã bị giết. Quân đội Hoa Kỳ và quân chính phủ (Sài Gòn) phải chôn những binh lính chết của họ bất kỳ nơi nào và lúc nào có thể được. Còn lính dù Nam Việt Nam thì được chôn xác ngay trên trận địa"[24]

Theo Gareth Porter[25], một học giả Mỹ, các ước lượng ban đầu của Bộ Di dân và An sinh Xã hội Việt Nam Cộng hòa, số dân thường thiệt mạng do giao tranh và bom pháo là 3.776, trên tổng số dân thường bị thương, chết hoặc mất tích là 6.700 người[26], chứ không phải các con số 944 và 7.600 do Tiểu đoàn Chiến tranh Chính trị số 10 của Quân lực Việt Nam Cộng hòa đưa ra[27]. (Các con số 944 và 7.600 này đã được Pike Douglas dùng trong thống kê của mình.)

Về các con số cụ thể tại các địa điểm khai quật, Gareth Porter[25] viết:

"...tại địa điểm trường trung học Gia Hội, báo cáo chính thức của Mỹ, dựa trên thông tin cung cấp bởi Tiểu đoàn Chiến tranh Chính trị số 10, đưa ra tổng số 22 mộ tập thể và 200 tử thi, với bình quân 9 tử thi mỗi mộ. Nhưng khi Steward Harris [phóng viên Thời báo Luân Đôn] được đưa đến địa điểm đó, người sĩ quan Việt Nam hộ tống nói với anh ta rằng mỗi ngôi mộ trong số 22 ngôi có từ 3 đến 7 xác, cho ra tổng trong khoảng từ 66 đến 150. Cũng khoảng trong thời gian đó, Tiểu đoàn Chiến tranh Chính trị số 10 xuất bản một cuốn sách nhỏ dành cho người đọc Việt Nam, trong đó nói rằng tại trường học có 14 mộ (chứ không phải 22), con số này còn làm giảm tổng số hơn nữa."

Gareth Porter cũng dẫn lời kể của Alje Vennema[28], một bác sĩ làm việc cho một đội y tế Canada tại bệnh viện Quảng Ngãi và đã tình cờ có mặt tại Bệnh viện Huế trong thời gian xảy ra sự kiện Tết Mậu Thân, nói tổng số tử thi tại bốn địa điểm chính được phát hiện ngay sau Tết là 68, chứ không phải con số 477 như đã được tuyên bố chính thức, và hầu hết tử thi có dấu vết quân phục.